בתאריך 28.5.2008 עזב ד"ר אפרים סנה את כנסת ישראל, לאחר שפרש ממפלגת העבודה והחזיר לה את המנדט.
בכנסת ה-17 שימש ד"ר אפרים סנה כחבר בוועדת חוץ והביטחון, בוועדת המדע והטכנולוגיה, בוועדה המיוחדת לבדיקת הערכות ומוכנות לרעידות אדמה וכן חבר בוועדה המשותפת לתקציב הביטחון.
כמו כן, שימש ד"ר סנה כיושב-ראש השדולה למען התעשיות הביטחוניות, חבר בשדולה למען ירושלים, בשדולה הסביבתית-חברתית, בשדולה למען דו קיום יהודי-ערבי וחבר בשדולה לבריאות הציבור.
עם סיום כהונתו העביר ד"ר סנה את החוקים אשר יזם לחברי כנסת אחרים:
1. הצעת חוק העונשין (תיקון - החמרת העונש המזערי בעבירות מין):
מטרת הצעת החוק לקבוע כי העונש המזערי, הקבוע כיום לחלק מעבירות המין, יגדל מלפחות רבע העונש הקבוע לעבירה לכדי לפחות מחצית מהעונש הקבוע לעבירה.
עבר לח"כ עמירה דותן.
2. הצעת חוק בית העצמאות:
הצעת חוק זו באה לעגן את מעמדו המיוחד של הבניין בו הוכרזה מדינת ישראל, שהוא גם "בית התנ"ך".
עבר לח"כ זבולון אורלב.
3. תיקון חוק בריאות ממלכתי - אשפוז סיעודי:
על-פי חוק זה יכלל האשפוז הסיעודי בסל הבריאות, וכל אזרח ישראלי יזכה לקבל אשפוז סיעודי ללא תשלום נוסף. לצורך זה יועלה מס הבריאות בחצי אחוז.
עבר לח"כ אורית נוקד.
4. הצעת חוק נכי רדיפות הנאצים:
מטרת הצעת חוק זו למנוע קיצוץ בקצבת ביטוח לאומי של ניצולי שואה המקבלים קצבה בשל נכות שנגרמה להם על-ידי הנאצים.
נמצא בטיפולה של ועדת הכספים.
5. הצעת חוק המרכז להנצחת ההעפלה:
מטרת הצעת חוק זו היא לחייב את הממשלה בהנצחת זיכרון של מפעל ההעפלה, בו עלו מאות אלפי יהודים לארץ ישראל לפני קום המדינה.
נמצא בטיפולה של ועדת החינוך, תרבות וספורט.
כזכור, בתאריך 30.10.06 מונה ח"כ אפרים סנה לתפקיד סגן שר הביטחון. בשל העובדה כי לא יכל להמשיך בתהליך החקיקה העביר את החוקים אשר יזם לחברי כנסת אחרים:
1. תיקון חוק בריאות ממלכתי - אשפוז סיעודי:
על-פי חוק זה יכלל האשפוז הסיעודי בסל הבריאות, וכל אזרח ישראלי יזכה לקבל אשפוז סיעודי ללא תשלום נוסף. לצורך זה יועלה מס הבריאות בחצי אחוז.
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
2. הצעת חוק ביטוח בריאות ממלכתי (תיקון התוספת החמישית):
מטרת הצעת חוק זו לעדכן אוטומטית כל שנה את סל התרופות בשני אחוז, תוספת של כ-300 מיליון ש"ח בשנה.
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
3. הצעת חוק נכי רדיפות הנאצים:
מטרת הצעת חוק זו למנוע קיצוץ בקצבת ביטוח לאומי של ניצולי שואה המקבלים קצבה בשל נכות שנגרמה להם על-ידי הנאצים.
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
4. הצעת חוק להקמת בית חולים בקריות:
בתי החולים של העיר חיפה גדושים, ולתושבי הקריות שמספרם יגיע בשנת 2020 ל-400,000 תושבים ומעלה קשה להגיע במהירות לבתי חולים אלה. הצעת החוק תחייב הקמת בית חולים בקריות.
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
5. הצעת חוק המרכז להנצחת ההעפלה:
מטרת הצעת חוק זו היא לחייב את הממשלה בהנצחת זיכרון של מפעל ההעפלה, בו עלו מאות אלפי יהודים לארץ ישראל לפני קום המדינה.
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
6. הצעת חוק בית העצמאות:
הצעת חוק זו באה לעגן את מעמדו המיוחד של הבניין בו הוכרזה מדינת ישראל, שהוא גם "בית התנ"ך".
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
7. הצעת חוק ניסויים רפואיים בבני אדם:
הצעת חוק זו מסדירה ומגדירה בחוק את נושא הניסויים הרפואיים בבני אדם.
החוק עבר לח"כ אורית נוקד.
